Tryb postępowania przed Kolegium określa ustawa z dnia 12 października 1994 r. o samorządowych kolegiach odwoławczych (Dz.U. z 2016 r., poz. 1659 ze zm.), według którego Kolegium jest organem właściwym w szczególności do rozpatrywania odwołań od decyzji, zażaleń na postanowienia, żądań wznowienia postępowania lub do stwierdzenia nieważności:
1. sprawy z odwołań wpływają do Kolegium za pośrednictwem organu, który wydał zaskarżoną decyzję lub zaskarżone postanowienie,
2. skargi na bezczynność organu kierowane winny być przez skarżących bezpośrednio na adres Samorządowego Kolegium Odwoławczego,
3. wnioski o ponowne rozpatrzenie sprawy zakończonej decyzją lub postanowieniem wydanym przez Kolegium w I instancji (właściwe pouczenie zamieszczone jest pod rozstrzygnięciem) kierowane winny być bezpośrednio na adres Kolegium i opatrzone stemplem opłaty skarbowej o właściwym nominale,
4. kolegium orzeka i wydaje rozstrzygnięcia w składzie trzyosobowym, po przeprowadzeniu rozprawy lub na posiedzeniu niejawnym. Orzeczenia Kolegium zapadają większością głosów i wydawane są w formie decyzji lub postanowień, rozsyłanych stronom postępowania na adres wskazany przez organ wydający rozstrzygnięcie w I instancji,
5. przy orzekaniu członkowie Kolegium są związani wyłącznie przepisami powszechnie obowiązującego prawa,
6. członek składu orzekającego, który został przegłosowany, ma prawo zgłosić przy podpisywaniu orzeczenia zdanie odrębne, uzasadniając je na piśmie w terminie 7 dni od dnia odbycia narady,
7. orzeczenia Kolegium podpisują wszyscy członkowie składu orzekającego nie wyłączając przegłosowanego
8. w postępowaniu przed Kolegium nie może reprezentować strony:
a. adwokat wykonujący zawód w kancelarii adwokackiej, zespole adwokackim oraz w spółce jawnej lub cywilnej z wyłącznym udziałem adwokatów lub adwokatów i radców prawnych albo w spółce komandytowej, w której komplementariuszami są wyłącznie adwokaci lub adwokaci i radcowie prawni, przy czym wyłącznym przedmiotem działalności takich spółek jest świadczenie pomocy prawnej,
b. radca prawny wykonujący zawód w kancelarii radcy prawnego oraz w spółce jawnej lub cywilnej z wyłącznym udziałem radców prawnych lub radców prawnych i adwokatów albo w spółce komandytowej, w której komplementariuszami są wyłącznie radcowie prawni lub radcowie prawni i adwokaci, przy czym wyłącznym przedmiotem działalności takich spółek jest świadczenie pomocy prawnej,
c. doradca podatkowy wykonujący zawód w spółce niemającej osobowości prawnej z wyłącznym udziałem doradców podatkowych
- w których członkiem, wspólnikiem, udziałowcem lub komplementariuszem jest etatowy członek kolegium.